Gilles Bertschy est psychiatre, ancien interne et chef de clinique au CHU de Besançon de 1983 à 1992 avec un passage par le CNHU de Cotonou (Bénin) en 1989-1990. L'une de ses thèses de Doctorat en médecine en 1987 a été consacrée à l'épidémiologie de la dépression et de Doctorat en Sciences et l'autre en 1993 à la pharmacocinétique des antidépresseurs. Il poursuit sa carrière hospitalo-universitaire à Lausanne (1992-1996) puis à Genève (1996-2009) avec une nomination de professeur'adjoint en 2003.

Depuis 2009 il est responsable du Service de psychiatrie II aux Hôpitaux universitaires de Strasbourg et professeur à l'Université de Strasbourg. Il a orienté ses activités cliniques, d'enseignement et de recherche vers le domaine des troubles de l'humeur avec un intérêt pour une approche intégrative de ces troubles, incluant aussi bien les aspects neurobiologiques et psychopharmacologiques que les aspects cliniques, psychologiques et sociaux.
Il est impliqué dans des activités de soutien communautaire aux personnes souffrant de troubles de l'humeur et à leur entourage et il a été un des deux créateurs en 2012 à Strasbourg du Diplôme d'Université «Médecine, méditation et neurosciences».